Что сделать, чтобы при обращении к каталогу выводился index.php?

Для того, чтобы при обращении к каталогу выводился не index.html, а другой файл, например, index.php, нужно создать в корневом каталоге Вашего виртуального сервера файл .htaccess, содержащий следующую директиву веб-сервера Apache:

DirectoryIndex index.php

В качестве параметра укажите тот файл, который Вам нужет, или несколько файлов, разделенных пробелами.